Karen Wachter studierte Humanmedizin an der Friedrich-Schiller-Universität Jena und schloss 1994 mit der Dissertation «Nephroprotektive und nephrotoxische Wirkung von MESNA nach Cisplatin induziertem Nierenschaden bei Ratten» ab. Nach Stationen als Assistenzärztin in der Rehaklinik Rheinfelden, im Regionalspital Rheinfelden, in der Neurologischen Klinik des Kantonsspitals Aarau und in der Neurologischen Klinik des Universitätsspitals Zürich wurde sie zur Oberassistentin der Neuropsychologischen Abteilung des Universitätsspitals Zürich sowie zur Oberärztin der Neurologischen Klinik des Kantonsspitals Aarau ernannt. Seit 2004 ist Karen Wachter Oberärztin für Verhaltensneurologie und Leiterin der Neuropsychologischen Abteilung der Neurologischen Klinik des Kantonsspitals Aarau. Zudem arbeitet sie in eigener Praxis in Zürich und ist als Dozentin an der Universität Zürich und am ZHAW tätig.